在每一个主系列游戏都会有至少一个对应地区的邪恶组织，他们的目的各异，但无论如何是会和主角为敌的。

大部分邪恶组织有明确的目标并坚信那样能让世界变得更美好。

火箭队

火箭队活跃于关都地区、七之岛和城都地区，是第一二世代的邪恶组织。

火箭队的首领是坂木，他们的目的不是很明确，但会抢夺稀有的宝可梦甚至捕捉传说的宝可梦。

在第一世代入侵了西尔佛公司，甚至犯下了杀害宝可梦的罪行，后被赤红瓦解，第二世代失去了老大的火箭队妄图重建被主角及时阻止。

熔岩队与海洋队

熔岩队和海洋队是活跃于丰缘地区的邪恶组织，在绿宝石中都是邪恶组织，但在红宝石和蓝宝石中会有一方是正义组织。

熔岩队的老大是赤焰松，目的是唤醒并控制固拉多扩张陆地面积；

海洋队的老大是水梧桐，目的是唤醒并控制盖欧卡扩张海洋面积。

他们犯下了很多事情，最终造成了丰缘地区严重的旱灾和水灾，两个阻止因为唤醒的传说的宝可梦失去控制，重要人员都下落不明，可以当做已经解散。

银河队

银河队活跃于神奥地区。

他们的老大是赤日，目的是利用神话的宝可梦（帝牙卢卡帕路奇亚）创造属于自己的新世界。

银河队有好几个主要基地，他们很接近成功，抓住了三个湖中的宝可梦，且创造出红色锁链暂时控制住了帕路奇亚/帝牙卢卡。

银河队的野心被主角和湖中的宝可梦/基拉帝纳瓦解。

等离子队

等离子队活跃于合众地区。

等离子队的实际领袖是魁奇思，在《黑/白》中的目的是利用传说的宝可梦的力量将人和宝可梦分开，N的目的是解放宝可梦，认为宝可梦是训练家的“奴隶”。

在《黑2/白2》中魁奇思的目的变成了利用酋雷姆的力量直接支配合众地区。

等离子队两度在主角和合众道馆馆主阻挠下被解散。

闪焰队

闪焰队活跃于卡洛斯地区。

闪焰队的领导是弗拉达利，目的是借助卡洛斯地区传说的宝可梦启动3000年前AZ制造的最终兵器摧毁除闪焰队以外的人类和宝可梦。

闪焰队最终被主角瓦解。

骷髅队

骷髅队活跃于阿罗拉地区。

他们的老大是古兹马，是一个完全没有目的的邪恶组织，骷髅队会抢夺他人的宝可梦和在考验的地方闹事等，作出各种各样的恶行。

以太基金会的露莎米奈雇佣骷髅队抢夺科斯莫古，最终主角、莉莉艾、哈乌和格拉吉欧经过努力挫败了两组织的阴谋。

彩虹火箭队

在事件　ＲＲ中出现的邪恶组织，由坂木领导，麾下集结了历代邪恶组织老大的巨大组织。以太基金会的扎奥博亦涉入其中。

坂木称他是为了实现未竟的梦想，用究极异兽的力量穿梭在各个平行世界中，偶然来到了阿罗拉地区。在事件　ＲＲ结束后，彩虹火箭队的成员们通过究极之洞传送走了。

END